Проверьте путь к Xcode
Зафиксируйте версию Xcode в графическом интерфейсе и путь к инструментам командной строки. При наличии нескольких версий скрипт сборки должен явно выбирать нужную, чтобы интерактивная сессия и runner не использовали разные цепочки инструментов.
$ xcodebuild -version
$ xcode-select -p
$ xcrun --find swift